В январе 2012 года в Федеральной службе по надзору  в сфере образования и науки (Рособрнадзоре) Белгородская Православная Духовная семинария получила бессрочную лицензию на право ведения образовательной деятельности как  учреждение высшего профессионального религиозного образования Белгородской и Старооскольской епархии Русской Православной Церкви.

Лицензия, согласно которой  Семинария  осуществляла  образовательную деятельность ранее,  была переформлена на бессрочную в соответствии с Законом Российской федерации от 10 июля 1992 № 3266-1 "Об образовании", положения о Федеральной службе по надзору в сфере образования и науки от 17  июня 2004 № 300 и заявления ректора  Архиепископа Белгородского и Старооскольского Иоанна во исполнение рекомендаций Учебного комитета Русской Православной Церкви, который   в  2011 году провел  работу с духовными учебными  заведениями  по переоформлению  лицензий на  бессрочную. К осени 2011 года из 22  учебных заведений, которые  имели лицензии, 11  уже переоформили их, получив бессрочную лицензию. 

В октябре 2011 года группой по лицензированию во главе с секретарем Ученого совета прот.Сергием Дергалевым был подготовлен и отправлен в Рособрнадзор необходимый пакет документов на рассмотрение.

Бессрочная лицензия для Белгородской Православной Духовной семинарии была подписана Федеральной службой  по надзору в сфере образования и науки 10 ноября 2011 года.